陈毅没想到的是，在华野一兵团高干会议期间，粟裕要改变中央已决定的渡江跃进战略。陈毅一时难以理解粟裕的想法：这样有理论阐明、有实践依据的布置周详的重大战略决策，由中共中央和中央军委主席亲自主持，并和你我反复商量同意的战略行动，你为何要改变呢？！
在陈毅去中央参加会议的两个多月中，粟裕对渡江跃进的利害作出了一系列新的分析判断，把1948年的南线作战重点从“渡江跃进”完全转变为“歼敌主力于长江以北”。
粟裕对陈毅说：“现在我们一兵团的一、四、六3个纵队，装备火力并不比蒋军的头等主力差了。今后在主要战场上，无非是两种作战形式：一种是和敌人重兵集团运动作战，突然包围整师整军的敌人。现在蒋军主力都学会了在野战中利用村镇迅速构成防御阵地，一个整编师一昼夜能筑两三千个地堡，使我们的运动战变为攻坚战。这就需要有强大火力才能攻歼。另一种是对重兵防守的城市攻坚作战，当然就更需要有强大火力配备的部队。”
粟裕接着说：“可是这种部队作战，对战争的贡献大，消耗也大。弹药、兵员、粮食虽然可以部分取之于敌军和敌区，但大部分还是要取之于解放区的后方。去年三路大军外线出击（除刘邓大军外），实际上还是半后方作战。我们还得靠晋冀鲁豫薄一波的支援，山东的支援。”粟裕继续说：“然而一、四、六纵队8万多人一旦下了江南，便完全是无后方作战。刘、邓跃进大别山，因雨季水大把重武器都丢下了。我们去江南，重武器也得丢下，到江南也没有后方的弹药补充，第一年又不可能打歼灭战，所以不大可能大量缴获敌人弹药。一个火力配备很强大的兵团，突然降为只有轻武器而且弹药不足的游击兵团，这不是用其长而是舍其长！”
1947年12月上旬，陈毅赴陕北米脂县杨家沟参加中央十二月会议。1948年1月7日到达陕北后，毛泽东与他多次促膝深谈，对人民解放战争的胜利前景作了切合实际的估计。此后，陈毅到中原，一路传达中共中央、毛泽东的指示精神。随后在中原、淮海战场上，他与刘伯承、邓小平等一起，运筹帷幄，指挥了中原、淮海、渡江等战役，为夺取解放战争的彻底胜利奠定了基石。
粟裕论兵，陈毅支持鼓励粟裕，向中央“斗胆直呈”
小住杨沟一月长，评衡左右费思量。
弯弓盘马故不发，只缘擒贼要擒王。
北国摧枯势若狂，中原逐鹿更当行。
五年胜利今可卜，稳渡长江遣粟郎。
这是陈毅应召到陕北米脂县杨家沟中共中央驻地汇报工作并参加中央工作会议后于1948年1月27日前后写的一首《失题》诗。陈毅在毛泽东身边住了一个多月，参与讨论了夺取全国胜利的一系列重大决策，信心满怀，兴奋而归。全诗反映了当时的斗争形势。其最后一句“稳渡长江遣粟郎”，是指毛泽东对南线战局的设想，拟派粟裕于1948年5月率华野一兵团（一、四、六纵队）先遣渡江一事。
陈毅离开杨家沟时，毛泽东亲笔写下一份手令交给他：任命陈毅为东南野战军司令员兼政治委员，粟裕为东南野战军副司令员兼副政治委员，同时兼东南野战军第一兵团司令员、政治委员，叶飞为东南野战军第一兵团副司令员兼副政治委员。粟裕为中共中央东南分局书记，金明为副书记。这样，渡江跃进的战略方针和方案就正式确定了。
令陈毅没想到的是，在华野一兵团高干会议期间，粟裕要改变中央已决定的渡江跃进战略。陈毅一时难以理解粟裕的想法：这样有理论阐明、有实践依据的布置周详的重大战略决策，由中共中央和中央军委主席亲自主持，并和你我反复商量同意的战略行动，你为何要改变呢？！在陈毅去中央参加会议的两个多月中，粟裕对渡江跃进的利害作出了一系列新的分析判断，把1948年的南线作战重点从“渡江跃进”完全转变为“歼敌主力于长江以北”。粟裕对陈毅说：“现在我们一兵团的一、四、六3个纵队，装备火力并不比蒋军的头等主力差了。今后在主要战场上，无非是两种作战形式：一种是和敌人重兵集团运动作战，突然包围整师整军的敌人。现在蒋军主力都学会了在野战中利用村镇迅速构成防御阵地，一个整编师一昼夜能筑两三千个地堡，使我们的运动战变为攻坚战。这就需要有强大火力才能攻歼。另一种是对重兵防守的城市攻坚作战，当然就更需要有强大火力配备的部队。”
粟裕接着说：“可是这种部队作战，对战争的贡献大，消耗也大。弹药、兵员、粮食虽然可以部分取之于敌军和敌区，但大部分还是要取之于解放区的后方。去年三路大军外线出击（除刘邓大军外），实际上还是半后方作战。我们还得靠晋冀鲁豫薄一波的支援，山东的支援。”粟裕继续说：“然而一、四、六纵队8万多人一旦下了江南，便完全是无后方作战。刘、邓跃进大别山，因雨季水大把重武器都丢下了。我们去江南，重武器也得丢下，到江南也没有后方的弹药补充，第一年又不可能打歼灭战，所以不大可能大量缴获敌人弹药。一个火力配备很强大的兵团，突然降为只有轻武器而且弹药不足的游击兵团，这不是用其长而是舍其长！”
粟裕郑重地说：“而中原少了3个火力强大的主力突击部队，其损失是难以估量的！”陈毅反驳说：“可是一、四、六纵队直插江南，将能调动蒋军二三十个旅呀！”
“这我算过了。”粟裕沉静地说道，“中原战场之所以困难，是因为有蒋军五军、整十一师的王牌主力，有七军、四十八军的桂系主力，加上平原交通便利，增援快速，我们下江南，如能调动这四个军中的一二个，那当然好，然而事实上不可能。”
“不可能？为什么？”
“五军、十一师的优势是摩托化重装备，运动迅速，火力强大。这样的部队是不会调到江南水网地区去的。到江南他们的优势将全部丧失，蒋介石不会这样做。”
“广西军呢？”
“老蒋好不容易把他们调离江南，是不会轻易‘放虎归山’的。而战斗力差的旅，调走二三十个，也不能解决中原的困难。”
陈毅感到问题的复杂性和严峻性了。粟裕对中央“变江南为中原，变中原为华北，胜利就来了”的意图慷慨陈词，认为我军若不能在中原先打几个歼灭战，大量消灭敌人主力，就急忙跃进江南，则江南在半游击性作战中，未必能迅速变成半后方大兵团作战的中原，而中原敌人能够重点防御、机动增援，在我江北主力分兵江南削弱的情况下，中原也不大可能迅速变成巩固的华北。跃进大别山和中原，确实是避我军之短扬我军之长。而跃进江南，对一兵团这样一个对于重装备运用很熟练、围歼敌人能力很强的部队来说，反而是丢弃其所长。8万多人楔入敌人江南腹地，边打边走，可以给敌人一定的震慑，打乱其整个部署，调动中原战场上一些兵力。而我方呢，在无后方作战的情况下，势必遭敌人堵截围追，转战江南数省，损失不会少于5万人。粟裕又动情地说：“把到江南游击要付出的5万人伤亡减员的代价用在中原战场上，完全有把握歼灭敌人三十几个整编师10万兵力。中原以至全国的战局都可能改观！”
陈毅被说服了，并欣赏起粟裕这种置个人得失于不顾、大胆直言的勇气。然而他也知道，毛泽东可不是轻易放弃自己主张的人，更何况是关系全国胜利大局的战略主张。向毛泽东去强调到江南后的困难，岂不会被看做是畏缩？但是，粟裕的考虑是符合实际的，建议是很重要的。应该支持他，鼓励他！
4月18日，粟裕以个人名义向“中工委转中央军委”发出电报，电报首先说明经陈毅等“鼓励勇气”才“斗胆直呈”。电文长近3000字，除对陈毅陈述的那些意见外，更增加了对淮河到长江间派出数路强有力的游击兵团，对江南苏浙皖赣闽及湘黔派出多路坚强的远殖游击队等意见。同时，还说明“我们对南渡准备仍积极进行，决不放松”。毛泽东收到粟裕的电报后，亲自拟电文请陈毅、粟裕“为商量行动问题”到中央来开会。毛泽东等中央领导人听了粟裕的意见后，决定：华野应继续依托中原、华东两解放区，会同中野作战；同意一兵团在整训结束以后，4到8个月内，暂不去江南作战略机动，先加入中原作战，以便集中力量，歼灭敌人，粉碎敌人在中原的防御体系。
陈毅奉命中原“传檄”
渡江跃进的事既然在4到8个月内暂不实行，“东南野战军司令员兼政治委员”的陈毅，在半年左右时间内也就无任可到了。这需要重新明确一下。毛泽东找他谈话，告诉他中央研究了当前两个最大的战略区的辖区和人选问题。这两大区，就是即将成立政府、成为我主要基地的华北和关系到南中国的解放而正在逐鹿的中原。中原地域辽阔，自古以来战略地位极为重要，将是决战的战场之一。中原局刘、邓感到领导力量严重不足，一再电请中央派重要领导干部来负责、来增强。中央考虑到中原的极大重要性，考虑到华野主力实际上已和中野密切配合在中原作战，所以决定调陈毅、邓子恢到中原局和中原军区、中原野战军工作。中央决定：除华中解放区现辖境地外，凡陇海以南、长江以北，直到川陕边区均属中原解放区。中共中央中原局第一书记邓小平，第二书记陈毅，第三书记邓子恢。刘伯承、邓小平、陈毅、邓子恢、李先念、宋任穷、粟裕、李雪峰、陈赓、张际春、谢富治、刘子久等12位同志为中原局委员。关于军队方面的职务任命：刘伯承为中原军区及中原野战军司令员，邓小平为政委，陈毅为中原军区及中原野战军第一副司令员，李先念为中原军区及中原野战军第二副司令员。陈毅仍兼华东野战军司令员和政治委员。
陈毅由正职变为副职，毛泽东问他有何意见，陈毅幽默地回答说：“主席，陈毅愿作过河的卒子，有进有退，一切听凭中央调遣！”
1948 年5月10日，陈毅和邓子恢一行，离开中央驻地河北阜平县，5月12日，陈毅、粟裕陪同朱德到达河南濮阳。6月14日下午，到达中原军区司令部驻地豫西宝丰县北张庄村，刘伯承和邓小平亲自到村外迎接。他们近两年没见面了，阔别重逢，昼夜畅谈。6月17日起，就由陈毅向中原局、中原军区和中野直属队干部传达中央和毛泽东1947年12月以来的一系列指示和方针政策。地点是北张庄村。
陈毅首先传达了毛泽东从政治、军事、经济、整党和土改五方面所作的敌我对比，肯定中国革命一定能得到全国胜利。他动情地说：“今天在这里的同志，有20年的党员，参加过大革命、内战、抗日的三朝元老；党龄短的也有10多年了，男的长了胡子，女的生了孩子，可以说，都是老革命。大家想一下，共产党从来没有这样估计过胜利的问题。无论哪一次，也没有向党的干部，向全国人民肯定，我们将取得全国的胜利。”陈毅说：红军时期、七大期间、抗日战争胜利的时候，我党都不可能谈全国的胜利。只有现在，“胜利局势奠定了，没有一点冒险、空想，不是夜晚发烧梦到进南京”了。陈毅的传达对大家鼓舞最大的，是党中央把胜利的判断直接和中原野战军的巨大贡献紧密联系起来。陈毅说：“毛主席亲自对我讲：‘如果我大别山各兵团没有站住脚，你们两大野战军在豫西、豫皖苏没有站住脚，我们就不敢开这个会，我也不敢讲这个话，不敢写这篇文章，不敢讲伟大的转折点，不敢讲蒋介石可以打倒。这篇文章就要等一年半载再写。因为中原的部队站住了脚，胜利靠得住了，现在我们才开会分析、估计，大胆地写文章，向全国人民号召，准备在几年内取得胜利。’”
会议开了三天。陈毅连续用三个半天传达中央指示精神，中间除了吃饭，也不休息，天黑得都看不见了还在讲。他的报告丰富、深刻、生动，全场气氛活跃，大家毫无倦意。他传达最精彩的部分，就是他对毛泽东战略思想的阐述，从诱敌深入内线歼敌，讲到外线出击把战争引向蒋管区。他紧紧扣住中原野战军的战争实践和在解放战争中的伟大作用，既传达毛泽东的话，又加上了自己的发挥。
陈毅重新念了毛泽东当时给刘伯承和邓小平的作战指示：“蒋介石的反革命战略方针是要把全国战争的负担加到解放区身上，达到彻底破坏解放区的反革命计划。我们的战略是要尽量破坏蒋介石的战略方针，把战争引向蒋管区，使蒋介石担负全部战争负担，达到解放战争的胜利。”陈毅说：“把战争引向何方，主要是个吃饭问题，也就是经济问题，这正是战略问题。如果不考虑战争消耗，不考虑几百万人的吃饭穿衣，就不是战略家——这是古今中外没有人讲过的，毛主席讲了这个话。”
陈毅还传达了毛泽东所说的有了解放战争第二年战略进攻的伟大胜利才敢讲夺取全国胜利，这是对刘邓大军千里跃进大别山所作的高度评价。陈毅说：跃进大别山取得的在新区如何建设解放区的全面经验直到中原局的“六六指示”，对于下一步的战略行动和在全国各地争取作战和建设的胜利，是无价之宝。
在这样高瞻远瞩的战略宏图面前，外线出击的三部分野战军所受的损失就有“一本万利”之感。“我们丢的是几门大炮，得到的却是整个中国。”有的干部诙谐地说。
陈毅无拘无束、有理有据、可信可行地将胜利前景和党中央一系列政策策略“贡献”出来，彻底地完成了“传檄”任务。
刘、陈、邓协同指挥，活捉国民党军中将司令康泽
陈毅一到中原，就加入了解放战争南线的协调和指挥的中枢，和刘、邓一起，在中央军委的统一指挥下组织华野、中野两大野战军协同作战。这也是中共中央、毛泽东调动陈毅的主要原因所在。
在中原打大歼灭战是非常不容易的。国民党军除了保安部队之外，在中原战场有正规军25个整编师共57个旅。其中13个整编师计30个旅担任重要点线守备；另外12个整编师计27个旅和4个快速纵队，编成4个快速兵团，可以机动作战。在我军攻击一点或一个部队时，国民党军可以凭这4支机动力量，利用平汉、陇海、津浦三大铁路及广大平原许多公路之便，多路快速增援，与我决战。华野只有6个主力纵队计18个旅在中原作战，加上中野第十一纵队和特种纵队，总兵力不到敌人的1/3。若用华野的力量打国民党军一个兵团，必须用四五个纵队的绝对优势兵力担任攻击才能歼灭。这样，阻击敌援兵的部队只剩两三个纵队，是无论如何不够的。必须把华野、中野的部队全部动员起来，全部用于攻击、阻援及牵制，才能打胜一个大的歼灭战。毛泽东曾亲拟电报致粟裕、张震及刘伯承、陈毅、邓小平，指示：“在整个中原形势下，打运动战的机会是很多的。但要有耐心，要多方面调动敌人，方能创造机会。”“在打五军、七十五师等部时，不要企图一次打得太多，而要准备一次只打一两个旅，各个歼灭该敌，因为该敌是比较强的。”
陈毅在一次干部会上，曾生动地譬喻说：“毛主席和蒋介石在中原‘下棋’，黄河为界。那是说1947年6月以前的形势，蒋介石向解放区的进攻只能以黄河为界，不准他过黄河北犯。但当我军战略进攻开始，刘邓大军渡过黄河，跃进大别山以后，我军就已过了棋盘上的‘黄河’在敌人的‘河’这边打了。”
陈毅把中原战场比做一盘棋，是颇有点哲学意味的，幽默而又相当恰当。因为棋是活的，动一个子，就会牵动许多子，走一着棋，就会影响下一步下几步棋，甚至全盘的胜负。1948年六七月间进行的豫东、襄（阳）樊（城）战役，就是中原“棋局”两着相互关联而又影响全局的妙棋。为了配合华野开展豫东战役，刘、陈、邓决定停止襄樊作战，组织中野主力牵制南面敌人。华野攻克开封后，继续转兵睢县、杞县以围歼区寿年兵团。蒋介石急令邱清泉、黄百韬、胡琏等7个兵团驰援，企图合击华野，在豫东决战以“肃清中原”。粟裕急切盼望中野能阻击北上之敌。刘、陈、邓考虑到此战确有决战性质，即出动6个纵队配合歼灭区兵团。并于6月29日组成前进指挥所亲赴前线指挥，给予吴绍周兵团重大杀伤，迫使张轸急调胡琏整编第十八军折向西平与吴绍周兵团靠拢。接着，中野又于7月5日突然将前进中的胡、吴两兵团割裂，有效地迟滞了敌人。直到粟裕来电报告已歼灭区寿年兵团，部队并已北移，刘、陈、邓才率前指返回宝丰。
此时，中野主力第六纵队在桐柏军区部队和陕南第十二旅的配合下，按照刘、陈、邓的部署，于7月2日乘华野歼灭区寿年兵团，国民党军几个野战兵团陷于豫东之际，突然攻占老河口，继而攻击襄樊。7月16日，战役胜利结束，全歼国民党军2万余人，活捉国民党特务头子、第十五绥靖区中将司令官康泽。
豫东和襄樊两战役，不到1个月共歼敌12万余人，坚固设防的大城市开封再次被攻破，成为中原战局转变的关键。两大野战军在一个团结、战斗的指挥中枢统一协调下直接配合作战，其优越性和潜力明显可见。这再一次说明中央对陈毅调动的英明之举。
襄樊大捷，陈毅十分高兴，当即赋诗三首。第一首讽刺蒋介石的旧部并不与他“共患难”，第二首描写解放军战斗力的突飞猛进，第三首描写康泽的狼狈相。康泽被俘后第一句话就问：“贵部有医生没有？我的脖子该不会残废吧！”
以“副”顶“正”，陈毅恪尽职责
1948年7月25日，中原局第一书记邓小平启程去河北平山县西柏坡向中央汇报中原局的详细情况和经验，并参加中共中央政治局九月会议。中原局的日常工作就由第二书记陈毅代为主持。
中原局摊子很大，干部不足。陈毅、邓子恢带来的4700名干部，投入到土地改革运动、地方 政权建设、经济工作、军事斗争中，就像一条小溪流到干涸的平原上，很快就被吸收得看不见了。当时河南开封的一些高等学府如河南大学等，以及开封部分中小学的进步师生，纷纷投奔解放区。到达豫西中原局驻地的有300多人，恳切要求参军、学习。中原局领导研究决定，成立两所培训干部的学校：一是中原军政大学，由刘伯承任校长兼政委，培养军队干部；一是中原大学，由陈毅任筹委会主任。开学不久，各地赶来入学的人越来越多，发展到2000多人。后来，中原大学的许多学生随军南下，被分配到南京、上海、武汉等地工作，还有的参加了进军西南的工作，足迹遍及大半个中国。
在军事工作方面，陈毅分工主管中原军区的工作。中原军区新建不久，各级机构不健全，人员缺乏，难以担负维护中原政权、发展地方武装、剿灭土匪、扩充新兵等任务。尤其是剿匪，斗争形势相当尖锐。国民党军主力刚退，解放军新到，土匪势力甚为猖獗。鄂豫皖三省都有类似情况，河南尤甚。陈毅在《关于1948年夏季中原情况及政策转变问题向毛主席的综合报告》中说：“我党足迹遍全中国，土匪恶霸之猖獗恐无逾河南者，可举豫西临汝、鲁山、宝丰、伊川、陕县、禹县等地方为代表……较之抗日时期在苏北阜宁所遇土匪更为严重。剿匪为安定地方首要环节。”陈毅是中共老资格的省军区司令员，对付反动匪特是行家。他首先抓思想发动。他在各种场合强调剿匪是军区建设的首要任务，强调对于巩固解放区，增强人民力量和准备大歼灭战场的重大作用。
陈毅投入很大的精力建设和加强各地的军区地方部队。鄂豫、皖西、豫皖苏、豫西、江汉、桐柏、陕南等各军区都进行了组建和整顿。军区地方部队发展到21万多人。在野战军的支持配合下，在4个月内就消灭土顽2.5万余人。中原军区地方武装对中原解放区的开拓与巩固起了很大的作用。
陈毅在写给毛泽东的综合报告中说：“……现在农民已纷纷回来买牲口，积极生产；知识分子开始接近我们；逃亡地主也开始回家。河南皖北一带，历来军阀混战，日伪蹂躏，‘水旱黄汤（恩伯）’，民不聊生。群众反映，二十年来从未如此安定。”陈毅在报告结尾用他军事家的眼光，概括了一句在伟大战略决战前夕切中时局的判断：“中原局面，已具备了初步根据地，正走向以应付大规模作战的条件。”
寻觅和捕捉战机，配合华野作战
1948年8月16日，刘伯承、陈毅收到军委发来的电报，电报内称：“九月华野攻济打援是一次严重作战，需要你们的有力配合……”济南远在山东北部，中野部队如何能给予“有力配合”？刘、陈当即着手寻觅和捕捉战机。
战机出现了。根据电报破译、实地侦察和材料判断，国民党军新组建的十二兵团（以整编十一师为骨干，司令黄维，副司令胡琏、吴绍周）派出十师、八十五师由确山护送大批军用物资经泌阳到唐河，支援豫西南孤立的城市南阳。南阳守敌王凌云则由南阳出发至唐河接运。国民党军十二兵团的十一师和三师准备向解放区的方城、叶县间进犯，来掩护这一运送和接运行动。刘、陈决定发动宛（南阳）确（确山）战役，牵制国民党军华中部队增援济南。
9月16日，刘伯承、陈毅、李达向中原野战军直属各纵队发布了发动宛确战役的命令。同一天，济南战役打响。
白崇禧分析各方面的情报后，当即下令十二兵团停止向南阳运送物资的行动，并将十师、八十五师收缩至驻马店集中，十一师、三师停止向解放区进犯，以防解放军各个击破。济南战役进展顺利，在打援方向没有开火的情况下于24日全歼守敌10万余人（含起义部队2万余人），实现了“打开济南府，活捉王耀武”的目标。陈毅非常高兴。
当济南城内还在激战时，粟裕和张震就向中央军委、华东局、中原局发出电报，建议进行淮海战役。9月25日，刘伯承、陈毅等详细研究后，复电粟裕并报军委：“我们同意立即进行淮海战役”，并提出了在鲁西南的四、八两纵队机动作战等意见。他们还主动建议：根据中原特别是豫西的态势，中原野战军打算以分散歼敌的方法，在江汉地区歼敌一部，牵制西面的敌人，来配合华野的作战。
中央军委在接到粟裕、张震及刘伯承、陈毅等的电报后，毛泽东亲拟电文，复电说：“我们认为举行淮海战役，甚为必要。”并指示：“你们第一个作战，应以歼灭黄（百韬）兵团于新安、运河之间为目标。”然后第二、第三个作战分别歼灭两淮及海州之敌。这样有利于“下一步进行徐州、浦口线上之作战”。
10月11日，中央军委的电报到达时，邓小平已从平山县西柏坡回到中原局。刘、陈、邓立即研究对军委命令的执行方案。陈毅很有预见地说：“蒋介石在这几个月内是要拼命挣扎了。8月初，蒋介石就说过：如果不能在长江、黄河之间打开一个局面，则非垮不可。中原大地将有大仗要打了！”
经过反复慎重研究，中野决定投入强大力量攻克郑州，以调动孙元良兵团西援。他们的部署是：刘伯承坐镇豫西，指挥中野二、六纵队和地方武装在江汉、桐柏等地区分散歼灭敌人，以牵制吸引黄维、张淦等兵团尽可能远离东线战场，并以陕南部队伪装主力，以使敌人误认为刘伯承率中野主力仍在豫西；陈毅、邓小平则率中野一、三、四、九等4个纵队，并有豫西、豫皖苏部队及华北十四纵队配合，东进直指郑州，威胁徐州敌人，保障华野作战。如此强大的机动部队，宽广近1000公里区域的战略与战役的积极配合，实属罕见。
中央军委对刘、陈、邓的这一部署给予充分肯定。在这一部署和华野一系列部署的基础上，淮海战役的部署迅速出现战略性的飞跃。中央军委10月22日的电报指出：白崇禧部黄维、张淦两兵团，被我中野二、六、十纵队吸引到桐柏山区，在相当长时间内，不可能回头进到黄泛区，威胁东面华野之行动，且有利于陈毅、邓小平在攻郑州胜利后，以一部或大部或全部向东行动，协同华野三纵、两广两纵队，不但牵制孙元良、刘峙全部，而且可牵制邱清泉、李弥一部。在攻克郑州，于邱、李两兵团大量东援之际，举行徐州、蚌埠作战，相机攻取宿县、蚌埠，坚决、彻底、干净、全部地破坏津浦路，使敌交通断绝，陷刘峙（徐州集团）全军于孤立地位，逐步形成“大淮海战役”。
10月31日，粟裕在华东野战军部署完毕时，发报给中央军委：“此次战役规模很大，请陈军长、邓政委统一指挥。”中央军委在11月1日发报告陈毅、邓小平、粟裕，并告华东局、中原局：“整个战役受陈、邓指挥。”这样，两大野战军的协同作战达到一体化的水平。
陈、邓挥师东进攻占宿县，截断徐蚌线“关门打狗”
截断徐（州）蚌（埠）的具体责任落到陈、邓肩上。中央军委、毛泽东从11月9日至11日，连续在6份电报中强调占领宿县、截断徐蚌。
宿县是津浦线上国民党军的主要兵站，堆积大量弹药物资，有重兵坚城和铁甲列车、装甲车守卫，并不比郑州易打，加之铁路沿线国民党军增援又十分便利，故最初刘伯承、粟裕都没有提出把“攻取宿县”作为主要目标。
攻击宿县这样坚固设防的城池，需要慎重。陈、邓立刻召开各纵队指挥员会议。邓小平传达了中央军委对于打宿县的指示，并特别强调：淮海战役关系到中国革命的进程，必须全力以赴，愈坚决，愈大胆，就愈能胜利！
陈毅在会上讲了“关门打狗”、歼灭敌主力于淮河以北的伟大意义。又说：“你要关门打狗，他会狗急跳墙，所以要充分准备，这是个硬仗。你们各部队，特别是攻城的部队，要把最强的旅，最硬的尖刀，拉上第一线，一定要把宿县拿下来，在淮海战役上立大功！”
作战科长张生华介绍了宿县敌情。宿县是徐蚌间最大的交通枢纽。淮海战役打响后，徐州向连云港的海路运输被切断，津浦线南段就成了徐州敌人唯一的补给线和主要退路。因此，敌人十分重视保持津浦路的畅通，成立了护路司令部，由国民党交通部交通局局长周伟龙兼司令，中将张绩武任副司令，共有1.3万人驻守，武器精良，战斗力强。
最后，由陈毅宣布战斗部署。各纵队领受任务后迅速行动。陈毅深知，宿县城墙高厚坚实，护城河既宽又深，还有日本人营建的永备工事，装甲车辆机动巡逻。主攻宿县的中野三纵重炮和炮弹都不是很多。仍担任华野司令员兼政治委员的陈毅与华野联系，调拨6门榴弹炮和3 门山炮，上百发炮弹，支援中野三纵。15日黄昏，三纵各种炮火同时射击，铺天盖地，宿县小北门城墙被拦腰轰塌，西门、北门也相继突破，解放军三路入城，与敌人展开巷战。至16日凌晨3时，攻下了最后的敌垒——位于福音堂的护路司令部，活捉了国民党军中将副司令张绩武。攻克宿县后，宿县南北100余公里的铁路被破毁。“门”终于关上了。
毛泽东对于此战评价甚高，在11月23日“庆祝你们歼灭黄百韬兵团10个师的伟大胜利”的电文中说：“在战役发起前，我们已估计到第一阶段可能消灭敌人18个师，但对隔断徐、蚌，使徐敌完全孤立这一点，那时我们尚不敢作这种估计。这种形势的造成，主观上是因为我们华东、中原两大野战军会合并攻占宿县。”
总前委成立，刘、陈、邓“临机处置”“二黄”
1948 年11月16日，中央军委判定当前的淮海战役已不仅在预想中而且在事实上成为南线作战，“此战胜利，不但长江以北局面大定，即全国局面亦可基本上解决”，故而电令：“由刘伯承、陈毅、邓小平、粟裕、谭震林五同志组成一个总前委……由刘伯承、陈毅、邓小平为常委，临机处置一切。小平同志为总前委书记。”
常委刘、陈、邓“临机处置”的第一件大事，便是独立分析，决心围歼“二黄”——黄百韬、黄维。
11月22日，淮海战役进行到第17天，华野全歼了黄百韬兵团，佩着“‘铿’字第一号”胸章的国民党军第七兵团中将司令官黄百韬，在指挥所被打散后，带着少数随从逃到小黄庄东北的旷野里，撕碎了蒋介石最后空投给他的“坚守待援”的亲笔信，开枪自杀了。
黄百韬兵团被歼后，毛泽东致电刘、陈、邓：完全同意先打黄维；情况紧急时，一切由刘、陈、邓临机处置，不要请示。从此时起，淮海战役重点转移到南部战场。刘、陈、邓集中全部精力对付黄维兵团。
黄维兵团拥有4个军11个师共12万人马，一律美械装备，半摩托化，光是十八军就有500余辆汽车。从兵团司令到排长，几乎是清一色的黄埔军校、陆军大学或军官学校毕业生，作战极为顽强。
对于打黄维的困难，刘、陈、邓是有足够估计的。刘伯承说：“讲士气还是那句老话，‘狭路相逢勇者胜’！但打蒋介石的第一流部队，则更需要讲战略战术。”邓小平一再表明“破釜沉舟”，不怕“倾家荡产”，哪怕中野部队打光，也要取得淮海战役的胜利。陈毅的胜利信心更加坚定，他想到他这个兼华野司令员拥有的实力 ——打黄维不光是中野的13万人打12万人，还有华野部队，华野主力虽然在歼灭黄百韬兵团后伤亡较大，但部队不断扩大，不仅可阻援打援，还可直接投入作战。只要中野需要，他要人有人，要炮有炮。
对黄维的作战，其实早在10月中旬就开始了。刘伯承留在豫西，指挥二、六纵队，拖着黄维往西边走边打。直到陈、邓率中野4个纵队攻下郑州，解放开封，继续东进时，蒋介石才知上当，急令黄维东返，向徐州开进，夺回宿县，增强淮海战场实力。刘伯承命令二、六纵队赶到黄维前头，正面阻击，破坏黄维通路上的桥梁道路，并在阜阳、太和、涡河、浍河一线层层阻击敌人，歼敌一个主力团。黄维一见这般情况，感到有点不妙：过去华野、中野都是分头作战，这次靠拢会合，统一行动，必有统一指挥、统一意图；过去中野对他十二兵团作战多用侧击、尾击，这次正面阻击，逐步后退，好像有一个预谋正在实施。黄维算是一个有经验的指挥官，他发现此处地形甚为不利，皖北多河道，从蒙城到宿县，就有淝河、解河、浍河，障碍重重，一旦离开蒙城，涡河又成后路，如解放军沿河包抄，将陷于进退维谷的危险境地。于是，他违反了蒋介石的命令，不向宿县攻击前进，改道往东南到蚌埠、固镇间与刘汝明、李延年兵团会合，再协力北进。
刘、陈、邓已看清黄维的处境，于我十分有利，就一面向中央报告请示，一面先行“临机处置”。积极布置诱歼黄维，让他“钻口袋”。陈毅亲自拟“AAA”（即刻到）火速电报，请华野即派3个纵队的兵力于当夜赶到宿县南、固镇东，以加强兵力，隔断黄维去宿县及固镇的去路，隔断他与刘汝明、李延年兵团的联系。中野以强大部队由浍河以南地区向西出击歼敌。24日凌晨，刘、陈、邓接粟裕回电，部队已布置到位。刘、陈、邓立即命令浍河南北我7个纵队同时向敌人发起进攻。24日下午6点多钟，黄维兵团全军被我压缩在以双堆集为中心的 15华里宽的地区内。
战场也有喜剧。在中野围歼黄维的后期，各纵队伤亡颇多，敌人凭“汽车城”等坚固阵地顽抗时，华野继派7个纵队之后，又派第三、第十三纵队和鲁中南纵队及特种兵纵队的两个炮团加入围歼黄维作战，而带队的指挥员又是善于用炮的陈士榘。陈毅发给他和华野特纵司令员陈锐霆两个重要指示：一是“中野为了跃进大别山把重武器丢了。这次打黄维，一定要把华野主要炮兵全部拉上去，保证战斗胜利”。并要陈锐霆亲自去南坪集联系。另一个指示是，将“黄维兵团的全部装备都给中野”。陈士榘在包围圈东边指挥中野六纵、华野三纵等主力参加总攻。迫击炮、榴弹炮齐袭，打死3000 多敌人。黄维兵团分散突围全部就歼后，陈士榘、陈锐霆又接陈毅指示：黄维的东西，华野部队一律不准拿，华野各纵队战斗结束后即时归建。结果，陈锐霆这位原定负责打扫战场的华野战地司令只得“两手空空”而回。
猛兽出洞，陈毅指示华野“车干水捉大鱼”
在黄维兵团被围之际，蒋介石决定驻徐州的邱清泉兵团、李弥兵团、孙元良兵团突围。突围的方向是西南，企图与被围的黄维兵团会合。
12 月1日，陈毅一听到徐州敌人倾巢突围的消息，就拍掌叫好。他说，如果三个兵团死守徐州，华野攻坚作战就得付出巨大的代价，旷日持久。现在敌人终于脱离其永备工事进入运动状态，这是围歼的好机会。陈毅的第一个行动就是要中野和华野架通有线电话。猛兽出洞，是要全力对付的。华野立刻命令11个纵队投入平行追击，迂回包抄，不让两大坨敌人靠拢和会合。
这是淮海战役中最好的歼敌良机和最紧张的时刻。陈毅和刘、邓来到指挥部西边通往临涣集的公路上，华野二线截击部队二纵，正以近乎小跑的速度向永城方向疾进。陈毅向策马而来的几位纵队负责人招手，他们急忙下马。陈毅命令：“把背包丢掉，部队减员一半也要赶到敌人前面，在永城堵住敌人！”陈毅还叫驾驶员小谭把自己的吉普车开过来，连人带车一起送给二纵负责人，让他们乘车赶到部队前面去布置一切，指挥部队跑步前进。
二纵终于赶在敌人大部队到达前插到永城，协同军分区部队，给敌人的先头部队以迎头痛击，迫使其回窜。
12 月4日，华野11个纵队将杜聿明集团包围在徐州西南130余里的永城陈官庄地区。中野指挥部也由临涣集移到襄王城，电话也和华野架通了。陈毅拿起话筒，对方是张震。张震立刻兴奋地向刘、陈、邓首长问好，并汇报了包围的部署。陈毅对部署表示同意，又说：“现在黄维得知杜、邱、李、孙南逃来援，刘汝明、李延年加紧北援，又紧张起来，拼命反扑，妄图突围。……华野要组织好兵力，阻击李延年、刘汝明，不准他们北进。更要把杜聿明集团拦住，绝对不能让他逃跑或南下与黄维会合，那将严重影响淮海全局的胜利！”
杜聿明组织邱清泉、李弥兵团以数十辆坦克打头阵向东南猛突，战况之激烈前所未见。但敌人的冲锋均被打退，华野十纵等部队阵地如铁。12月6日，孙元良兵团向西突围，在野战中全部被华野歼灭。孙元良只身逃脱。杜聿明集团被牢牢围住。陈毅在电话中指示华野：“稳扎稳打，逐步缩小包围圈，车干水捉大鱼。”后经激战，到1949年1月10日，华野、中野等解放军以13.3万人的伤亡代价，歼灭国民党军1个“剿匪”总司令部、5个兵团部、22个军部、56个师共55.5万人，解放了长江中下游以北广大地区。至此，蒋介石在华东、中原战场上的精锐师团丧失殆尽，再也无力阻挡人民解放军南下解放长江以南广大地区了。
1949年1月6日至8日，陈毅和刘伯承到中共中央所在地河北平山县西柏坡村参加中央政治局会议。22日南返。从29日下午起，以3天时间向华野、中野高干传达中央政治局会议精神和毛泽东的指示。在此期间，根据中央军委命令，中野改编为第二野战军，下辖第三、四、五兵团共9个军和1个特种兵纵队，共28万人。华野改为第三野战军，陈毅仍为司令员兼政委，粟裕为副司令员兼第二副政委，谭震林为第一副政委，下辖第七、八、九、十兵团，共15个、军1个特种兵纵队，58万人。
由于粟裕全力从事淮海实战指挥两个多月，积劳致病，不得不住院休息治疗。经中央同意，陈毅返回华东主持工作。淮海全胜，中原大定。接下来，二野、三野在华东并肩作战，挥师百万过大江。
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